El monitoreo biológico se realiza todas las semanas mediante un levantamiento de información de todas las especies que habitan en la reserva Punta San Juan: lobos marinos, aves guaneras, pingüinos de Humboldt, gaviotas, gallinazos, nutria marina, zarcillos, garzas, halcón peregrino, etc.
Esto se logra mediante el conteo directo de todas las especies de vertebrados marino-costeros que habitan la reserva Punta San Juan.
Dos personas recorren la reserva, realizando el conteo playa por playa. Los conteos se realizan una vez por semana durante la temporada no reproductiva y a escala diaria durante la temporada reproductiva. Esta información sirve para tener una visión tipo fotografía de todas las especies que habitan en la reserva Punta San Juan.