El estudio genética de poblaciones se investiga en toda la población del pingüino de Humboldt (Spheniscus humboldti) en la reserva de Punta San Juan.
A través de esta investigación se están evaluando las relaciones genéticas entre los individuos en la reserva y de la población peruana en comparación con otras poblaciones sudamericanas.
Para lograr esto se colectan y conservan muestras de sangre entera para la extracción, amplificación y secuenciamiento del ADN mitocondrial y nuclear.
Esta información determinará si es que hay singularidades en la estructuración genética de los pingüinos de Humboldt de Punta San Juan en comparación con otras colonias en Perú y Chile.